科学研究和教学让欧阳轩激情澎湃，却总是突然其来的军政事务打断。虽说霹雳军的日常政务由李爽统揽，军务则有黄大根、曹二狗、余柱等人负责，但下山之后军政事务量呈几何级增长，治理难度也成倍增加，仍有许多重大事情需要欧阳轩来拍板，或者召开军政联席会来决定。虽然提倡少开会、开短会，却仍有许多会议在等着欧阳轩。因为这些会所议决的事项实在太重要，涉及重大的政治和民生，关乎霹雳军治理的根本。仅在六月上旬，他便主持了二场军政联席会议，所幸冗长的会议并没有白费功夫，决定了几个关键事项。
第一项是入籍制度。当下霹雳军治下人口已达二十万人，这些人除了川西土著外，也有不少来自外地移民，夷蕃之民也不在少数。受优惠政策和安定环境的吸引，霹雳军治下的人口还在持续不断的增长。谁是霹雳军公民，谁能能享受霹雳军的优惠政策，便成了个颇具争议的话题。欧阳轩坚持华夷一体的思路，认为只要在居住境内并登记在册，并认可霹雳军理念者，皆是霹雳军公民，理所当然能享受各项福利。他的这个理念被其他人认为太过宽容，最终被通过的方案则要严苛了许多。
军政联席会议对霹雳军公民的定义为：认同霹雳军理念，熟练掌握汉话或有贡献者，履行霹雳军的各项义务，并经登记在册者，才能称为霹雳军的公民。这项定义将相当部分人排在公民之外，尤其是夷蕃之民及劳改营的战俘。对于这些不具有公民身份者，联席会议也作出了规定，其可以佃种土地或到工矿业或务工，在霹雳军辖区生活三年并会说汉语后，即可登记为在册公民。联席会议还对有贡献的情形作了解释，即在政治、军事、经济、科学、医学等方面有一技之长者，即便不会说汉话也可以成为公民。在霹雳军正规军的夷蕃战士便符合这一条件。
第二项是田亩制度。刚下山时霹雳军已经通过了有关田亩制度，实现了耕者有其田的目标，甚至以不纳粮来吸引流民来屯垦，对于立功受奖及伤残士兵的奖励也用土地来奖励。这项制度前提是有大量的无主田地，但也存在争议。江源常元之所以背叛，便是因为其手握数千亩地契，却未获得霹雳军认可，试图投靠蒙古人以重获土地所有权。另外，土地买卖、继承和使用等方面也不甚明确，故由李爽牵头制定了新田亩制度。
新田亩制度仍然坚持欧阳轩提出的均田制和防止土地兼并的思路，明确不承认荒芜土地的地契。对治下的耕地实行承包田和永业田并行的制度。即根椐土地肥瘦，每个成年男子可授30至100亩作为承包田，儿童和妇女减半，并随人口增减而调整，但每户承包田不得超过一千亩。承包田作为公有土地，只可耕种不可继承。可以继承和买卖的并作为私产为永业田。永业田的来源除了买卖外，最主要的来源为军功、科技发明等奖励，或抚恤、伤残的补偿，每户也不得超过一千亩。
第三项是基层治理。常元的叛变主要是因为他个人私欲得不到满足，但也反映了霹雳军基层治理的薄弱。如果他的上级能精细点，如果管理制度能再严密点，常元不可能形成团伙，进而裹胁那么多人参与叛乱，所谓“主将无能，累死三军”。前车之鉴，后事之师，霹雳军高层的一致意见是须加强对基层的治理，特别是基层官员和管理人员的选拔使用。
霹雳军最基层的单位是屯垦点，再往上则是乡与县。按照新的制度，各县除了设县长外，另有兵、刑、户、礼、工、吏六科，分别负责武备军事、司法刑狱、财税商贸、教育卫生、工矿业和官吏管理。乡大多设在大的屯垦点，除了乡长外，只设兵、户、礼、工四名吏员。屯垦点仍然按照以前的设置，屯长仍由民众推选产生，但须符合新的标准。鉴于未来很长的一段时间霹雳军都将处于战事状态，故新的制度明确规定，屯长、乡长必须有从军经历并识字。选拔县、乡的吏员，除了考核对应专业知识外，有从军经历的也优先录用。
第四项是军制问题。当下霹雳军实行常备军和基干民兵相结合。联席会议认为耕战一体模式在常备军与基干民兵中，应有适度区别。曾勇等人借鉴唐时府兵制和宋军普遍采用的募兵制，提出了常备军职业化和基干民兵府兵化的方案，并提议控制民兵数量，获得了通过。当下霹雳军常备军四个旅加上参谋部直属的部队只有五千五百人，但参加训练的民兵却有五万人之多，这其中不乏弱冠少年和白发苍苍老者。
按照新的军制，当下常备军数量不变，武器装备仍由军需部门统一提供。常备军士兵专司训练和作战，非特殊情况不再从事生产活动，其分配的土地由所在村屯代为耕种，并核减家人的劳役。按照曾勇的建议，基干民兵数量控制在二万左右，仍然采用耕战一体模式，核减本人承担劳役，所需衣服粮食和冷兵器武器自行购买，平日训练所需火器和战时所需则由军需部门统一提供。
新的军制看似士兵比民众吃亏，实在不然。霹雳军治下的民众虽然不纳粮，但仍需要在农闲承担大量的劳役，如自带粮食和工具修路、修沟、修筑堡垒等劳役，也是十分繁重。只不过这些劳役，相比蒙古人的残杀掠夺和其他州府官员敲骨吸髓的压榨，实在不值一提