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清廷感觉超级棘手，两边都不敢得罪。此时吴士钊找上了奕匡，一五一十把沉荩的原话告诉了奕匡，甚至加了一句：“王爷，您快点动手，不然他就跑了！”要是没人报信，其实清廷根本不可能知道是沉荩将此事捅出来。
因为他在日本报社做记者，此事不仅损害了清廷的利益，也损害日本的利益，所以日本不会把他供出来。
但清廷的做法实在搞笑。现在舆论压力以及日本的政治压力下，中俄密约肯定要散吹。
自己这方泄的密，不敢得罪俄国，于是决定找出
“凶手”给沙俄一个
“交代”。多么可笑又可悲。沉荩还没来得及逃走，就被抓住。打死他都想不到出卖自己的是朋友吴士钊。
即便是在狱中，面对审讯，沉荩也毫不讳言自己的言行，坦承自己的爱国行为，并揭露慈禧太后企图掩盖《中俄密约》的卖国行径。
慈禧这小心眼哪受得了这样的气，于是下令将他处死。由于正好是光绪过生日，按律不宜处决犯人，但慈禧也不管了，只是特意叮嘱刑部不能见血，所以处刑时是用的极为残忍的杖毙。
200多棍下去，沉荩骨头尽碎，却始终未听到哪怕一声哀嚎。就在行刑者以为沉荩已死之际，他却突然开口说道：“何以还不死？速用绳绞我。”行刑者无奈，只好用绳索将沉荩勒死了事。
事情发生得非常快，逮捕没多久沉荩就被清廷迫害而亡。打碎的是一个人的筋骨，却也结结实实打碎了清廷自己的骨头。
筋脉尽断。