对日本的战事刚刚结束不久，战时状态还没有宣布结束，正好又掀起开拓南洋的战事。这次战争是由郑芝龙的势力作为主力，明朝官方只是提供钱粮和武器，而且这是朝廷早就给郑氏安排的出路，很早就已经准备搜集南洋的情报。
并且南居益明确提醒和要求郑芝龙整合内部势力，不能像原来那样只是盟主，必须按明朝军制建立起明确的上下级垂直管理关系，所有船只都花钱收购了下来，船长和主力人物都是郑芝龙派遣直接控制，而不是其他海盗加盟，不乐意了随时可以离开。
不认同这种内部整合的人统统已经排挤掉了，这样虽然使势力有所缩水，但是作战时不会有从内部瓦解的危险。总兵力和东江镇差不多，也有十五万，家属也差不多三十万。大部分生活在福建，也有一部分移民到了台湾。
发动战争之前当然还是要办理相关的政治声明和舆论手续的，不过这次没有派使者，荷兰和西班牙没有对等的官方机关在南洋，还不够外交级别。明朝官方只是发了一份檄文式声明，重提了万历年间屠杀明朝籍汉人的事情，邸报和宣化司也进行了一波宣传，处置了当年渎职的官员，接下来先头部队出来五万人正式打开。
明朝官方虽然没有拿出最高配置的武器，北京、辽东、芜湖、南京四大官营军工基地全力开动，各个军备仓库也开始了清库存，通过海路运输源源不断运往南方。这次不仅是海战，也有一些登录作战，因此手榴弹击贼神机石榴炮大量准备和新造，也制作了小型的类似“泼喜军”式的一次投掷几百枚的投石机和低配版的连弩作为登陆后的陆战装备。
荷兰人和西班牙人战斗力比日本人强一些，但是也不会是全力开动的明朝国家机器的对手，就是步步为营，绝不冒险，用数量的装备优势碾压，俞大猷的《正气堂集里就说过“海上之战无他术，大船胜小船，大铳胜小铳，多船胜寡船，多铳胜寡铳而已”，这个思想和近现代海战没有差别。就用这种办法，一个岛一个岛攻击，损失多少船只补充多少，消耗多少武器弹药就补充多少，攻击部队始终保持满员，后续增兵留驻各岛。
只不过这次要攻击的目标比较多，不是只有鹿儿岛和奄美群岛，所以这次战事前后持续了整整三年才拿下了南洋要地。为此还另外新开了登莱、福州和陕西三个大型军工生产基地。随着邸报战事跟踪报道，泗水、文莱、巴邻旁巨港、麻六甲、雅加达一个个沈飞在《大航海时代4里见过的港口被明军控制。
接下来就是法律上派遣官员调查当年屠杀明籍汉人的凶手，审判罪行，高级头目判死罪，普通士兵除了少数罪恶深重的判处年代不等的劳役，当然还有一部分参与的土着也一并处理。在战争中俘虏了一部分欧洲形制的战船和工匠，由军工司接手参与研发制造新型舰船。接下来还是和日本一样的经济殖民操作，总结战争经验、宣传工作跟进，南洋地区的贸易彻底纳入明朝官方的管制之下。
郑芝龙按照承诺被封为拓南侯，官邸放在台湾，也方便和郑成功见面。明朝官方和郑芝龙分别出资60%和40%组建南洋开发商行，集海上贸易和军事安保于一体，安排一部分退伍军人，享受半税待遇。为了增加出口贸易，王徵改进了织布机，飞梭织布机比起以前的织布机只不过加几个滑轮组的事，技术上没有难度，加上收回的海关权利，每年大概能增加两千万两白银的财政收入，以后出口商品增加了还会更多。
这三年的事情也不只是战争，《崇祯历书的编纂进度已经达到了七成，新来到明朝的那些欧洲传教士已经精通中文并且学习了儒学经典和其他相关的中国学问，有了伽里略、笛卡尔和“天空立法者”开普勒三个欧洲大佬的参与和帮助，《崇祯历书的内容比历史上丰富了许多，这也是到现在还没有编写完成的原因。
李天经、薛凤祚这些明朝本土天文学者都已经调入了编写工作组，成为了格理院翰林学士，天文学水平也在这个过程中提高了一大截，只是王锡阐还是一个儿童，没有成长起来。揭暄也是朝廷的暗中牵线之下已经成了方以智的学生，同时在国子监军校学习军事，按照历史上他涉猎的专业已经全面培养。
当然这些发展和沈飞本人关系不大，沈飞还是希望综合更多的医药学高手改进完善自己手里的几张药方，在傅山妻子陷入重病，其他医生久治无效时，沈飞去了一趟出手治愈了他的妻子，之后亮明了身份要求他“转专业”学医，其他的李中梓、汪昂、张璐也提前找了来先学习一段，等他们医术大成就可以交代他们任务了。
在这三年之中又有一部官方主持着作开始了编写，抽调了全国各地官方和民间大量学者进行，就是中国思想史。原先《宋元学案黄宗羲只是确定大纲和少量手稿，《明儒学案只是黄宗羲的个人着作，对于这么重要的思想史着作实在太不像话了。
而且黄宗羲明显是以心学为主体，前期主要人物陈献章就是心学的代表人物，中期的王阳明更是心学的门面人物，也最详细。除了列入王阳明本人的《姚江学案还有江中王门、江右王门、
南中王门、楚中王门、北方王门、粤闽王门，倾向性也太明显了。